El Convento de San Francisco se estima fundado entorno al año 1214, pese a que sus documentos antiguos se han perdido como consecuencia de los avatares de la vida política y social. Este pasado turbulento, unido a las exaltaciones violentas, propició que los antiguos legajos no hayan podido llegar a nuestros días.
La tradición cuenta que el enviado a fundar esta orden en A Coruña llegó desde Santiago. Se trataba del franciscano Fray Benicasa de Todi. Sin embargo, también cabe la posibilidad de que su fundación real fuese algo después, en 1289, de cuando data una inscripción funeraria que se encontraba en el dintel de la derruida iglesia de la orden. Quizás convento e iglesia fuesen independientes, ya que al parecer hay pruebas de que dicho convento ya existía en A Coruña en 1262, cuando Teresa Yáñez de Deza, pone una cláusula testamentaria que decía:  “Et mando fratribus minoribus de Cruna”. Además, en 1279 Pedro Abril, tesorero de la iglesia compostelana, deja dicho en su testamento: “Fratribus minoribus de Crunia”. Se trata, en ambos caso, de los documentos más antiguos relacionados con el convento.
También son muy escasas las noticias sobre el edificio en el siglo XIV. Un ejemplo es el paso por Galicia en 1345 del rey Alfonso XI, en su veneración del Santo Sepulcro del Apóstol Santiago, quien al pasar por A Coruña se hospeda en el convento. 
Y el 7 de junio de 1348 otorga su testamento doña Elvira Pérez: “It mando aos frayres de San Francisco da Cruña XV libras para unha pitanza. Iten, dez maravedíes para obras, e outros dez, para o lume do dito Mosteyro”. También el progenitor de los Condes de Monterrey, Gonzalo Ozores de Ulloa, en 1402, deja señalado que se entreguen 40 maravedíes para el convento de San Francisco, para que los frailes encomienden su alma a Dios.
Por su parte Pedro de Lago en 1423 dispuso que sus restos fueran trasladados al templo coruñés: “Primeramente, mando que si me acaecida la muerte, que me entierren en la Iglesia de San Pedro de esta villa de Santa Eulalia y esté allí enterrado hasta que la carne se haya gastado y que los huesos los lleven al Convento del Monasterio de San Francisco de la Crunna (...) dándole además mi parte de la aceña de Monelos, de que han las otras partes los dichos frailes y otros, y mando más al dicho Convento, las casas y viñas y heredades y chantados en la feligresía de Santiago de Seglaes”.  

Las cortes de Carlos I
En el convento se celebraron también las Cortes de 1520 de Carlos I, cuando este marchó de España para ser proclamado emperador de Alemania. De hecho, fue desde el puerto coruñés del que partió con rumbo a Flandes. También en el convento se alojó Felipe II en 1554 cuando vino a la ciudad de paso camino de Inglaterra. 
Esta edificación se encontraba en el año de 1589, cuando los ingleses trataron de apoderarse de A Coruña, fuera de las defensas de la ciudad. Así, el marqués, marqués de Cerralbo, capitán general, por miedo a que los invasores pudieran penetrar por aquel costado, ordenó prender fuego tanto a la iglesia como al convento, aunque este no llegó a arder en su totalidad. 

Restauración de Felipe II
Una vez que los ingleses se fueron, se inició la restauración, gracias a las limosnas de los reyes, sobre todo el monarca Felipe II, así como otros devotos de la ciudad. 
El convento volvió a sufrir un estado de ruina en 1658, con motivo del estallido que sufrió el depósito donde se almacenaba la pólvora de la ciudad en la Fortaleza Vieja, hoy Jardines de San Carlos, pero las ayudas del pueblo lo harán resurgir de nuevo de sus cenizas. 

alojamiento de moore
Dos siglos después, el edificio hizo las veces de alojamiento a las tropas de Moore en 1809, cuando durante la guerra de la Independencia el ejército se retiró desde Zamora hasta A Coruña para regresas a Inglaterra. Un poco más tarde se convertirá en la sede del Jurado de Imprenta, mientras que 1835 al amparo de la desamortización, se procede a la exclaustración de los monjes y el convento pasa a ser la cárcel de la ciudad, además del cuartel de las tropas del rey y por último de la Guardia Civil. 

Fábrica de sombreros
Posteriormente, el edificio se vende y pasa a manos de Eduardo Mariano Cervigón Aldao, que instaló en la propiedad una fábrica de sombreros. En 1928 seguía siendo una propiedad privada en manos de los hijos de Cervigón, inmediato al edificio que había sido cuartel de Macanaz, hoy Museo de Luís Seoane, y en 1937 ya se convertirá en propiedad militar, por expropiación forzosa del Gobierno de Franco.  
En la actualidad es uno de los templos principales en las funciones de la Semana Santa de la Coruña, ya que de él salen las populares procesiones y forma además parte de la Iglesia  de la Orden Tercera.

La Iglesia
La Iglesia de San Francisco está en Santa Margarita a donde fue llevada piedra a piedra en los sesenta. Cuando se levantó de nuevo en su actual emplazamiento su configuración sufrió variaciones y Francisco Pons en el año 1963 fue el encargado de su reedificación. 
De la fábrica original solo quedan en pie el ábside, donde se haya la Capilla Mayor, las capillas laterales y la portada principal, de modo que la capilla del siglo XVI, que en su origen estaba en el lado Norte del Crucero, se llevó a la mano derecha, mientras que la primitiva portada se coloca a los pies de la nave, aunque esta está cerrada debido al desnivel del terreno, y la torre es de nueva obra. Pons siguió el modelo de la que se haya en la antigua orden de San Francisco, situada en lo que entonces era el Campo del Espíritu Santo.