Hasta el año 1744, la ciudad alojaba a sus tropas en las casas de la población que estaban catalogadas para este fin, pero esta tarea se tornaba muy difícil por la oposición que los vecinos mostraban a tal obligación. El conflicto venía por que los poderosos, es decir, los acaudalados burgueses y personas de los diferentes cargos públicos, estaban exentos de tal reparto en la asignación de aquellas gentes de guerra en sus hogares. Así, esta repartición recaía solo en la gente más humilde del pueblo, que debía alojar a los soldados en tránsito. Caso aparte era el de la artillería, la mayor guarnición de esta plaza, compuesta por vecinos que se dedicaban a sus tareas respectivas u oficios diferentes, pero estaban asentados en la ciudad. 
Dado el problema, el Concejo recibe una real orden para que se aprovechase el convento de San Francisco como un cuartel en el que albergar las tropas. Será a finales del siglo XVIII y comienzos del XIX cuando se lleve a cabo la tarea de construcción de los diferentes cuarteles que se levantarán en la ciudad.
Es entonces cuando se levanta el cuartel del Príncipe Alfonso en el campo de la Estrada, llegando en su extensión hasta el campo de la Leña, conocido también en tiempos como campo de la Horca. El lugar elegido para la obra es el antiguo solar en el que se asentó en 1589 el monasterio de Santo Domingo, reducido a cenizas en aquel año por los ingleses en su incursión sobre La Coruña.
El inicio de las obras da lugar el 11 de julio de 1859, siendo dirigidas por el teniente coronel del Cuerpo de Ingenieros Joaquín Montenegro. Estos trabajos  finalizan en 1865, tras cubrir una extensión será de 175 metros de largo por otros 60 de ancho, y con un coste de 7.715.733 reales. El cuartel estaba, no obstante, sin acabar por falta de caudales. Los pabellones dispuestos para los jefes y oficiales quedaron sin construir.
Cuando se hizo este cuartel de tres plantas era uno de los principales del reino, quedando dividido en dos partes iguales, en cada una de las cuales había tres dormitorios en la planta baja, con su correspondiente sala de esgrima, además de otros tres en cada una de las plantas superiores, estando en la principal los almacenes y sala de enfermería. Además, este impresionante inmueble tenía sus respectivos cuerpos de guardia, cocinas para la tropa, cantina para todo el personal, talleres de armería, calabozos y almacén de munición, llegando a contar con una academia, siendo su capacidad para unos 1.800 efectivos militares; aunque en caso de necesidad forzosa podía alcanzar los 2.400 soldados en sus instalaciones. En sus patios albergaba dos cisternas de una altura de 3,60 metros. 
Su fachada principal se encuentra situada al Oeste, mirando hacia el campo de la Leña, donde están las garitas de los centinelas a pie de calle ante sus imponentes portones, con diversos escudos de armas en su frontal. También puede observarse unas pilastras de grandes dimensiones que recorren sus tres plantas. El tejado está a dos aguas, llamando la atención sus buhardillas rematadas por jambras y pequeños frontones de granito. En sus ventanas se observa el granito liso, mientras sus balcones están tratados con molduras y pequeñas cornisas que acaban rematando la fachada. En su interior, los patios cuentan en toda su extensión con una especie de galería porticada sin cerrar.

nomenclatura
En lo que respecta a su nombre, en sus inicios se denominó como cuartel del Príncipe Alfonso, siendo acogidos en su interior numerosos cuerpos militares, como los regimientos “Zamora” e “Isabel la Católica”. Más tarde recibe el nombre de cuartel de Alfonso XII y por último pasó a denominarse cuartel de Atocha, tomando el nombre de la barriada existente en su entorno y donde se hallaba la vetusta capilla de Nuestra Señora de Atocha. No obstante, para el recluta y paisano de La Coruña el nombre más familiar era cuartel de Infantería Isabel la Católica.
En su seno fueron alojados grupos de Operaciones Especiales, herederos del antiguo regimiento de Infantería “La Victoria”, el regimiento n°8 de Intendencia, así como unidades de Sanidad, batallones de Transmisiones, agrupación mixta de ingenieros de la división de Infantería Galicia 81 y unidades del Cuartel General, entre otros grupos.
Para saber más sobre este imponente cuartel del siglo XIX, es recomendable la lectura de la obra editada por Arenas, “Del Cuartel del Príncipe al Acuartelamiento de Atocha”, de José Ricardo Pardo Gato.